在一年前刚开始认识GISTIC这个软件的时候，我写过一篇文档记录安装过程。
Google搜索的第1个中文信息就是（2018年，现在不是，文章现在已经有过千次的引用啦~）。
实际上，GISTIC2已经更新了几个版本，特别是使用了bash替换了之前的csh，这样就不需要再像我以前那样修改和配置了。最近又准备研究一波CNV，好好分析一下，会利用GISTIC2，所以我重新写一篇安装的教程。
下载 代码语言：javascript复制wget -c ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTIC_2_0_23.tar.gz解压 代码语言：javascript复制mkdir GISTIC2mv GISTIC_2_0_23.tar.gz GISTIC2/ && cd GISTIC2/tar zxf GISTIC_2_0_23.tar.gz此时目录下有这些文件 代码语言：javascript复制$ lsexamplefiles LICENSE.txtexample_resultsMATLAB_Compiler_Runtimegistic2MCR_InstallerGISTIC_2_0_23.tar.gz README.txtGISTICDocumentation_standalone_files refgenefilesGISTICDocumentation_standalone.htmrun_gistic_examplegp_gistic2_from_segsourceINSTALL.txt安装Matlab环境 代码语言：javascript复制mkdir MATLAB_Compiler_Runtimecd MCR_Installer/unzip MCRInstaller.zip ./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder ~/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/注意，最后选项填入的路径需要是绝对路径
如果出现 java.lang.InternalError: Can't connect to X11 window server using ':0' as the value of the DISPLAY variable. 类似的错误，取消显示：
代码语言：javascript复制unset DISPLAY成功没有报错就是成功了，最后软件有一些提示，需要后面设置一些环境变量：
（这个图是我后面一次安装截图的）
所以接下来我们按照要求设置这些变量。
设置Matlab变量 代码语言：javascript复制echo "export XAPPLRESDIR=/home/wsx/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/v83/X11/app-defaults:\$XAPPLRESDIR" >> ~/.bashrcsource ~/.bashrcLD_LIBRARY_PATH 按照相应的格式设定即可。
运行GISTIC示例文件： 代码语言：javascript复制cd .././run_gistic_example阅读文档点击ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTICDocumentation_standalone.htm
其实在下载的GISTIC里面就有文档、安装说明等等。
更新：
今天在检查 GISTIC 报错想要重装的时候，发现